一套完整的滴灌系统，无非是由水源工程、首部枢纽、输配水管网及灌水器（滴头）四部分组成。其中用量最为庞大的莫过于系统末端的滴灌管（带），根据以往的施工经验、案例表面。整套系统中，最容易出现的问题便是滴头堵塞。如果使用中不注意、不重视，极有可能因滴头严重堵塞而导致整个滴灌系统报废。
      当然，滴灌系统在使用过程中经过合理的使用及恰当的保护措施，堵塞问题时完全可以避免的。常见的滴头堵塞原因主要有一下三种情况。
 物理堵塞
 物理堵塞时引起滴管带（管）堵塞的最主要原因。灌溉时采用的水质差，不安装过滤器或安装劣质过滤器。抑或是过滤系统不完善，则泥沙等杂物被水泵抽取进入输配水管网，经低压输水管道进入滴灌管（带），在含有杂质的水通过内镶式（侧翼迷宫式）滴头锯齿状流道时，杂物将会堵塞迷宫式流道口，从而滴管带将无法正常出水，甚至完全不出水。
    
     沉淀物堵塞
     主要是化学肥料及水质中含有的化学无机物沉淀造成。一种原因是滴灌施肥后，未经过及时的过水清洗，造成残留在滴灌管中的有些肥料会发生沉淀，如硫酸钙等，从而将滴头流道堵塞，影响出水效果。二是因为如果滴灌系统水源灌溉水属于硬水，碳酸盐含量偏高，长期使用也会在滴灌内管壁生成较多的水垢而堵塞滴头。
 
     生物堵塞
     生物堵塞也是滴灌中常见的一种堵塞原因。由于作物根系的向水性及不均衡灌溉，会导致根系向滴灌出水孔生长，作物的根系入侵滴灌出水孔，造成滴管带（管）滴头的堵塞。另一种情况是灌溉水中藻类及其他微生物的生长而引起的堵塞。如果灌溉水中藻类等生物含量丰富滴灌系统又经常结合施肥灌溉，肥料池等避光设施又不到位。则更容易造成微生物大量繁殖，将滴灌内壁覆盖堵塞。