在办理建筑工程乙级设计资质过程中，如果公示意见中存在存疑情况，企业应采取以下措施进行处理：


1. **详细了解存疑内容**：仔细阅读公示意见，明确指出的存疑事项，包括具体涉及的人员、业绩、材料、制度等方面的具体问题。


2. **核实存疑信息**：针对公示意见中提及的问题，企业内部进行详细核实，确保信息的准确性。如涉及人员资质，应再次确认人员证书的有效性、注册状态、社保缴纳情况等；涉及业绩，应核实项目的真实性、完成情况、合同、图纸、验收报告等证明材料的完整性和准确性；涉及制度文件，应确保文件的合规性、完备性、与实际运行的一致性。


3. **提供补充材料或解释说明**：根据存疑内容，针对性地准备补充材料或撰写解释说明。如需要补充人员社保缴纳记录、更新业绩证明文件、修订管理制度等，应尽快完成并提交。对于存疑原因不明或有误解的情况，应提供详细的文字说明，解释具体情况、澄清误解。


4. **与主管部门沟通**：主动与负责资质审批的住房和城乡建设部门联系，就存疑事项进行沟通，了解具体要求、答疑解惑。如有必要，可预约现场答疑或召开专题会议，面对面交流，争取得到主管部门的指导和支持。


5. **及时提交反馈**：在规定时间内按照主管部门要求提交对公示意见的反馈，包括补充材料、修改后的申请材料、解释说明等。确保反馈内容、准确、清晰，符合主管部门的要求。


6. **跟踪处理进展**：提交反馈后，持续关注处理进展，及时了解主管部门对反馈的审核情况，如需进一步补充材料或解释说明，应迅速响应，确保问题得到及时解决。


7. **如需申诉，依法依规进行**：如对公示意见有异议，认为存疑情况与事实不符，企业有权依法依规提出申诉。申诉应基于确凿的事实和理由，提供充足的证据支持，按照主管部门规定的程序进行。


综上所述，面对建筑工程乙级设计资质公示意见中的存疑情况，企业应积极应对，详细核实信息，提供补充材料或解释说明，主动与主管部门沟通，及时提交反馈，跟踪处理进展，必要时依法依规进行申诉，以确保资质申请的顺利进行。