散装口服液可用微波加热设备进行灭菌。但在口服液灭菌后装瓶时会再次污染。一般情况下，对成品口服液装瓶时进行灭菌即可。用传统加热灭菌法温度低时，达不到灭菌标准：灭菌温度高又会使口服液在装瓶时进行灭菌即可。
用传统加热灭菌法温度低时，达不到灭菌的标准：灭菌温度高又会使口服液的药效、营养成分和色、香、味受到影响，而且会造成瓶体的爆，口服液流失。采用10KW的微波对口服液进行灭菌，用用时间2—3分钟，温度70—80度，每小时处理量为300升（10毫升/瓶）。经微波灭菌后的口服液各项指标合格，在室温下放置18个月后，仍符合卫生标准。此外采用微波杀菌还避免了用常热力杀菌造成口服液中出现沉淀现象。
（1) 加热速度快 因为微波可以透入食品物料内部，干燥速度快，烦躁时间短，需传统加热方法的1/10—1/100(几分之一或几十分之一)的时间；因而提高了生产率，加速了资金周转。
(2) 低温灭菌，保持营养 微波加热灭菌是通过热效应和非热效应(生物效应)共同作用灭菌，因而与常规热力灭菌比较，具有低温、短时灭菌的特点。所以安全、保险，而且能保持食品营养成分不被流失和破坏，有利于保持产品的原有品质，色、香、味、营养素损失较少，对维生素C、氨基酸的保持有利。晒干的鲜菜其叶绿素、维生素等营养成分剩3％，阴干则可以保持17％，热风干燥可保留到40％，微波干燥则能保留60％—90％，微波升华干燥则可保持新鲜时的97％。