微波卤肉杀菌设备主要应用的物料为卤肉。卤肉又称卤菜，主要是将经初步加工过或焯过水的物料再放进卤水中进行浸泡或煮制，所以卤肉味道的好坏取决于卤水，通常分为红卤、白卤、黄卤。
微波卤肉杀菌设备还可应用于其他肉制品的杀菌，可为一机多用。例如：微波凤爪杀菌设备、鸡翅微波杀菌设备。在卤水浸渍加工卤肉的制作工艺中，所要经过的流程非常多，这就造成了二次污染，使其中的菌落数大大超出了食品的标准。如何杀灭卤肉中的致病菌，使其保质期延长，又不影响卤肉的口味成了问题。传统杀菌设备效率低下、产出率小、耗能大、操作环境混乱。微波设备利用微波的热效应和生物效应的双重作用对卤肉进行杀菌的。经微波杀菌后，杀灭了卤肉中的霉菌、大肠杆菌和其他致病菌，使卤肉的保质期得到很大程度的延长。