变频器的内部，对我们来说如同黑匣子，保护动作后无任何录波，无法得知相关信息，变频器本身系统庞大，环节很多，如果发生故障，不能作为电动机的保护；变频器虽然也设置有简单的保护，不能说在任何情况下都可以反映电动机的各种故障。
变频器设置有系统过流、系统过载、再生过电压、接地过流保护，但基本上是从保护IGBT晶闸管角度出发的，而不是从保护电动机的角度考虑的。当故障电流特别大时，变频器可作为东莞电机保护；但是对于故障电流较小，本身不会危及到晶闸管时，变频器对电机的保护作用不够。
另外，对于现在广泛使用的电压型变频器的保护设置存在一定的缺失。变频器配置的过流和过载保护，对于电流型变频器易于实现（回路中串接有大的电感，可以有效的抑制短路等故障时电流的上升率)，但是对于现在通常使用的电压型变频器（单元串联多重化变频器、IGBT三电平变频器等）而言，不能很好的实现，或者说实现比较困难。
由于变频器的加装，导致原综保装置的保护范围缩小，无法作为变频电动机的保护存在。现场变频器的加装，变频器基于整流、逆变原理，现在多为交直交脉宽调制（SPWM)电源供电，导致原综保保护装置无法很好的保护到逆变侧存在的故障。原综保保护装置，只能保护到变频器的上端（移相变压器及相关电缆出线），不能有效的保护变频后端所运行的电动机，在故障情况下工频后备保护无法及时切除故障，所以需要变频差动保护及变频后备保护的装设。
传统的继电保护算法中，三采样值幅值算法在信号中没有谐波和直流分量前提下可以认为与频率变化无关，但是加装高压变频器后，变频器电子元件在整流逆变过程中会产生谐波分量，无法获得被检测信号的相位信息，同时采样的幅值误差也增大，所以对于东莞电机厂变频电动机差动保护来说二米样值幅值算法是无法满足运行要求的。
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