医疗机构的污水要进行严格的消毒和处理，只有达到相关排放标准后才可以，当然其设计也有一些事项需要注意：医院污水收集：为了节约经常运转费用，在采用一等处理流程时，医院污水应与生活区污水分流；在采用二级处理流程时，医院污水和生活区污水应与院区内雨水分流。院区污水经排水管网汇集，经过院区内分散的地埋式污水处理装置(化粪池、隔油池等)预处理后排入污水处理站。含放射性物质、重金属及其它有毒有害物质的污水，需进行单独处理方可排入污水处理站。医院污水处理工艺选择：医院污水治理的原则，一方面要考虑污水中细菌、病毒的种类和数量，另一方面还应考虑污水的理化指标和毒理指标，更主要的还需考虑污水的排向和受纳水体对水质的要求。根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。